Elle fut fondée avant 1142 par Hugues II, Duc de Bourgogne (dit le Pacifique).
Il existait de nombreuses léproseries aux XI et XIIème siècle, période où la maladie était très présente. On en comptait une centaine sur le comté de Bourgogne.
Les lépreux y vivaient retranchés du monde car les règles de séquestration étaient très sévères dans ces établissements. Ils ne pouvaient en sortir que vêtus d'un costume spécial avec la cliquette (sorte de claquette à la main pour signaler leur présence).
Ils devaient marcher dans le vent, éviter de se laver et de tremper leurs vêtements aux fontaines et puits communs.
Après le passage de la lèpre on continua à utiliser cet établissement pour secourir les malades et les pauvres. Pour le préserver d'une ruine totale, Guillaume de Thurey, Evêque d'Autun, le donna en 1348 à l'Abbaye Saint Marguerite (près de Bouilland), à charge pour elle d'en effectuer les réparations nécessaires et de pourvoir aux bons soins des personnes.

En 1694, un édit royal réunit les hospices des campagnes aux hôpitaux des villes, mais le titulaire de la Léproserie de Meursault eut recours à un subterfuge pour tromper la commission du Roi et rester indépendante.

Vers 1754, l'Hôpital de Meursault fut accusé de servir de retraite à des voleurs et contrebandiers et il fut finalement réuni à l'hôtel Dieu de Beaune par ordonnance et lettre patentée du roi Louis XV en 1760, à la condition que Meursault ait droit à perpetuité à 4 lits dans l'hôpital de Beaune.

Les restes de l'ancienne Léproserie se composent sommairement de la chapelle de XIIème siècle qui comprenait une nef et un chœur et de la grande salle des pauvres.